Table 1.

Publicly available sources of genomic data

SpeciesDatabaseURL
Expression   
C. elegans WormBase http://www.wormbase.org 
Drosophila FlyBase http://www.flybase.org 
 BDGP http://www.fruitfly.org 
Zebrafish ZFIN http://zfin.org 
Mouse MGI/GXD http://www.informatics.jax.org/menus/expression_menu.shtml 
Multiple GEO http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo 
Multiple SMD http://smd.stanford.edu 
Multiple ArrayExpress http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress 
Phenotype   
S. cerevisiae CYGD http://mips.gsf.de/genre/proj/yeast 
C. elegans WormBase http://www.wormbase.org 
 RNAiDB http://www.rnai.org 
Drosophila FlyBase http://www.flybase.org 
 FlyRNAi http://www.flyrnai.org 
 GenomeRNAi http://www.dkfz.de/signaling2/rnai/ernai.html 
Arabidopsis TAIR http://www.arabidopsis.org 
Zebrafish ZFIN http://zfin.org 
Mouse MGI/MPD http://phenome.jax.org/pub-cgi/phenome/mpdcgi?rtn=docs/home 
Human OMIM http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=OMIM 
Interaction   
S. cerevisiae SGD http://www.yeastgenome.org 
 CYGD http://mips.gsf.de/genre/proj/yeast 
C. elegans WormBase http://www.wormbase.org 
Drosophila FlyBase http://www.flybase.org 
Multiple IntAct http://www.ebi.ac.uk/intact/site 
Multiple DIP http://dip.doe-mbi.ucla.edu 
Multiple BioGRID http://www.thebiogrid.org/index.php 
Multiple BIND http://www.bind.ca 
Multiple MINT http://mint.bio.uniroma2.it/mint/Welcome.do 
Function   
Multiple GO http://geneontology.org 
SpeciesDatabaseURL
Expression   
C. elegans WormBase http://www.wormbase.org 
Drosophila FlyBase http://www.flybase.org 
 BDGP http://www.fruitfly.org 
Zebrafish ZFIN http://zfin.org 
Mouse MGI/GXD http://www.informatics.jax.org/menus/expression_menu.shtml 
Multiple GEO http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo 
Multiple SMD http://smd.stanford.edu 
Multiple ArrayExpress http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress 
Phenotype   
S. cerevisiae CYGD http://mips.gsf.de/genre/proj/yeast 
C. elegans WormBase http://www.wormbase.org 
 RNAiDB http://www.rnai.org 
Drosophila FlyBase http://www.flybase.org 
 FlyRNAi http://www.flyrnai.org 
 GenomeRNAi http://www.dkfz.de/signaling2/rnai/ernai.html 
Arabidopsis TAIR http://www.arabidopsis.org 
Zebrafish ZFIN http://zfin.org 
Mouse MGI/MPD http://phenome.jax.org/pub-cgi/phenome/mpdcgi?rtn=docs/home 
Human OMIM http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=OMIM 
Interaction   
S. cerevisiae SGD http://www.yeastgenome.org 
 CYGD http://mips.gsf.de/genre/proj/yeast 
C. elegans WormBase http://www.wormbase.org 
Drosophila FlyBase http://www.flybase.org 
Multiple IntAct http://www.ebi.ac.uk/intact/site 
Multiple DIP http://dip.doe-mbi.ucla.edu 
Multiple BioGRID http://www.thebiogrid.org/index.php 
Multiple BIND http://www.bind.ca 
Multiple MINT http://mint.bio.uniroma2.it/mint/Welcome.do 
Function   
Multiple GO http://geneontology.org 

Abbreviations: BDGP, Berkeley Drosophila Genome Project; BIND,Biomolecular Interaction Network Database; BioGRID, General Repository for Interaction Datasets; CYGD, Comprehensive Yeast Genome Database; DIP, Database of Interacting Proteins; GEO, Gene Expression Omnibus; GO, Gene Ontology; MGI,Mouse Genome Informatics [which provides integrated access to several projects, including the Mouse Phenome Database (MPD) and the Mouse Gene Expression Database (GXD)]; MINT, a Molecular Interaction Database; OMIM,Online Mendelian Inheritance in Man; SGD, Saccharomyces Genome Database; TAIR, The Arabidopsis Information Resource; ZFIN, Zebrafish Information Network.

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