Skip to Main Content
Table 1.

Principal components for the three major metabolic pathways

Glycolysis/gluconeogenesis genes (PC1, 54.12%; PC2, 15.55%)                
Number 10 11 12 13 14 15 
E.C. # 1.1.1.27 1.2.1.12 1.2.1.3 2.4.1.1 2.7.1.11 2.7.1.40 2.7.2.3 3.1.3.11 4.1.2.13 4.2.1.11 5.3.1.1 5.3.1.9 5.3.1.9 5.4.2.1 5.4.2.2 
Abbrev. LDHB GAPD ALDH9A1 PYGM PFKM PKM2 PGK1 FBP1 ALDOA ENO1 TPI1 GPI GPI PGAM1 PGM1 
PC1 0.15 –0.63 0.37 0.01 –0.33 –0.26 0.26 0.09 0.12 0.18 0.1 –0.05 0.09 –0.17 0.3 
PC2 –0.11 0.13 0.02 –0.02 0.45 –0.19 0.02 0.75 0.24 0.05 0.04 –0.2 –0.1 –0.04 0.22 
TCA genes (PC1, 44.40%; PC2, 35.16%)                
Number 10 11 12 13   
E.C. # 1.1.1.41 1.1.1.41 1.2.4.1 1.2.4.1 1.2.4.2 1.3.5.1? 1.8.1.4 2.3.1.12 4.1.1.32 4.1.3.7 4.2.1.2 6.2.1.1 6.2.1.4   
Abbrev. IDH2 IDH3A PDHA1 PDHB OGDH SDHC DLD DLST PCK2 CS FH ACAS2 SUCLG1   
PC1 –0.12 0.36 0.12 0.04 0.18 –0.29 0.01 0.25 0.33 0.07 –0.64 0.3 –0.23   
PC2 0.06 –0.28 –0.14 –0.06 0.34 –0.05 –0.21 –0.22 –0.15 –0.75 –0.2 0.23   
Oxidative phosphorylation genes (PC1, 48.76%; PC2, 16.30%)                
Number 10 11 12 13 14 15 
E.C. # 1.10.2.2 1.10.2.2 1.10.2.2 1.10.2.2 1.6.5.3 1.6.5.3 1.6.5.3 1.6.5.3 1.6.5.3 1.6.5.3 1.6.5.3 1.6.5.3 1.6.5.3 1.6.5.3 1.6.5.3 
Abbrev. UQCRC2 UQCR10 UQCRC1 UQCRFS1 NDUFA4 NDUFA1 NDUFA10 NDUFA9 NDUFB6 MTND2 NDUFAB1 NDUFS4 NUFS1 NUOG NDUFV2 
PC1 0.12 –0.22 –0.07 0.2 –0.15 –0.11 0.01 –0.07 –0.2 0.14 0.11 0.17 0.31 –0.07 
PC2 –0.04 0.01 –0.03 0.02 –0.03 –0.08 –0.07 –0.07 –0.08 –0.04 –0.14 –0.08 0.17 –0.04 
Number 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 
E.C. # 1.6.5.3 1.6.5.3 1.6.5.3 1.6.5.3 1.6.5.3 1.6.5.3 1.6.5.3 1.6.5.3 1.6.5.3 1.9.3.1 1.9.3.1 1.9.3.1 1.9.3.1 1.9.3.1 1.9.3.1 
Abbrev. NDUFA4 MTND5 NDUFS3 NDUFA8 NDUFB2 NDUFB8 NDUFB9 NDUFB1 NDUFB10 COXII COX4I1 COX4I2 COX5A COX6A1 COX6B 
PC1 –0.22 –0.01 –0.07 –0.17 –0.24 –0.2 –0.21 –0.07 0.04 –0.13 0.06 0.03 –0.2 0.09 
PC2 0.12 0.02 0.02 –0.29 0.04 0.05 –0.44 –0.09 0.08 –0.26 –0.11 –0.12 –0.06 0.01 
Number 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44  
E.C. # 1.9.3.1 1.9.3.1 1.9.3.1 1.9.3.1 3.6.1.34 3.6.1.34 3.6.1.34 3.6.1.34 3.6.1.34 3.6.1.34 3.6.1.34 3.6.1.34 3.6.1.34 3.6.1.35  
Abbrev. COX7A2 COX8H COX7C COX8L ATP5B MTATP6 ATP5H ATP5A2 ATP5D ATP5C1 ATP5F1 ATP6V0C ATP6V0D1 ATP6V1C1  
PC1 –0.06 –0.18 0.05 0.22 –0.25 –0.21 –0.15 0.15 0.01 –0.23 0.12 5.00% 8.00% 18.00%  
PC2 –0.07 –0.03 –0.11 0.15 0.02 0.25 –0.02 –0.14 –0.05 –0.07 –0.57     
Glycolysis/gluconeogenesis genes (PC1, 54.12%; PC2, 15.55%)                
Number 10 11 12 13 14 15 
E.C. # 1.1.1.27 1.2.1.12 1.2.1.3 2.4.1.1 2.7.1.11 2.7.1.40 2.7.2.3 3.1.3.11 4.1.2.13 4.2.1.11 5.3.1.1 5.3.1.9 5.3.1.9 5.4.2.1 5.4.2.2 
Abbrev. LDHB GAPD ALDH9A1 PYGM PFKM PKM2 PGK1 FBP1 ALDOA ENO1 TPI1 GPI GPI PGAM1 PGM1 
PC1 0.15 –0.63 0.37 0.01 –0.33 –0.26 0.26 0.09 0.12 0.18 0.1 –0.05 0.09 –0.17 0.3 
PC2 –0.11 0.13 0.02 –0.02 0.45 –0.19 0.02 0.75 0.24 0.05 0.04 –0.2 –0.1 –0.04 0.22 
TCA genes (PC1, 44.40%; PC2, 35.16%)                
Number 10 11 12 13   
E.C. # 1.1.1.41 1.1.1.41 1.2.4.1 1.2.4.1 1.2.4.2 1.3.5.1? 1.8.1.4 2.3.1.12 4.1.1.32 4.1.3.7 4.2.1.2 6.2.1.1 6.2.1.4   
Abbrev. IDH2 IDH3A PDHA1 PDHB OGDH SDHC DLD DLST PCK2 CS FH ACAS2 SUCLG1   
PC1 –0.12 0.36 0.12 0.04 0.18 –0.29 0.01 0.25 0.33 0.07 –0.64 0.3 –0.23   
PC2 0.06 –0.28 –0.14 –0.06 0.34 –0.05 –0.21 –0.22 –0.15 –0.75 –0.2 0.23   
Oxidative phosphorylation genes (PC1, 48.76%; PC2, 16.30%)                
Number 10 11 12 13 14 15 
E.C. # 1.10.2.2 1.10.2.2 1.10.2.2 1.10.2.2 1.6.5.3 1.6.5.3 1.6.5.3 1.6.5.3 1.6.5.3 1.6.5.3 1.6.5.3 1.6.5.3 1.6.5.3 1.6.5.3 1.6.5.3 
Abbrev. UQCRC2 UQCR10 UQCRC1 UQCRFS1 NDUFA4 NDUFA1 NDUFA10 NDUFA9 NDUFB6 MTND2 NDUFAB1 NDUFS4 NUFS1 NUOG NDUFV2 
PC1 0.12 –0.22 –0.07 0.2 –0.15 –0.11 0.01 –0.07 –0.2 0.14 0.11 0.17 0.31 –0.07 
PC2 –0.04 0.01 –0.03 0.02 –0.03 –0.08 –0.07 –0.07 –0.08 –0.04 –0.14 –0.08 0.17 –0.04 
Number 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 
E.C. # 1.6.5.3 1.6.5.3 1.6.5.3 1.6.5.3 1.6.5.3 1.6.5.3 1.6.5.3 1.6.5.3 1.6.5.3 1.9.3.1 1.9.3.1 1.9.3.1 1.9.3.1 1.9.3.1 1.9.3.1 
Abbrev. NDUFA4 MTND5 NDUFS3 NDUFA8 NDUFB2 NDUFB8 NDUFB9 NDUFB1 NDUFB10 COXII COX4I1 COX4I2 COX5A COX6A1 COX6B 
PC1 –0.22 –0.01 –0.07 –0.17 –0.24 –0.2 –0.21 –0.07 0.04 –0.13 0.06 0.03 –0.2 0.09 
PC2 0.12 0.02 0.02 –0.29 0.04 0.05 –0.44 –0.09 0.08 –0.26 –0.11 –0.12 –0.06 0.01 
Number 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44  
E.C. # 1.9.3.1 1.9.3.1 1.9.3.1 1.9.3.1 3.6.1.34 3.6.1.34 3.6.1.34 3.6.1.34 3.6.1.34 3.6.1.34 3.6.1.34 3.6.1.34 3.6.1.34 3.6.1.35  
Abbrev. COX7A2 COX8H COX7C COX8L ATP5B MTATP6 ATP5H ATP5A2 ATP5D ATP5C1 ATP5F1 ATP6V0C ATP6V0D1 ATP6V1C1  
PC1 –0.06 –0.18 0.05 0.22 –0.25 –0.21 –0.15 0.15 0.01 –0.23 0.12 5.00% 8.00% 18.00%  
PC2 –0.07 –0.03 –0.11 0.15 0.02 0.25 –0.02 –0.14 –0.05 –0.07 –0.57     

Factor coefficients for each gene for the first two principal components are listed in parentheses. `%' is the percentage variance in gene expression explained by each PC. Many enzymes have more than one protein subunit, and numbers are used to identify these subunits. Full names of all genes are provided in Table S1 in supplementary material. Data from Oleksiak et al.(Oleksiak et al., 2005)

Close Modal

or Create an Account

Close Modal
Close Modal